Tout comme pour le Husky, l’histoire du Malamute débute dans une petite tribu et se poursuit avec la recherche de l’or. Le nom du Malamute vient des Mahlemiut, une tribu d’esquimau qui habitait le Golfe de Kotzebue à l’Ouest de l’Alaska. Cette tribu employait de grands chiens lourds et forts pour tracter les traîneaux.
Lorsque de l’or fut trouvé dans le Klondike, il y eut une grande ruée vers l’or qui attira environ 100.000 prospecteurs dans la région. Ces personnes eurent besoin de chiens pour leurs traîneaux. Leurs propres chiens ne supportaient pas les températures et la rudesse du climat. Les chiens des Mahlemiut devinrent recherchés.
Alors que le husky se popularisa par sa vitesse lors des courses, la « locomotive des neiges » faisait preuve d’une force plus impressionnante que sa rapidité. Il garda son rôle de transporteur, de chien de traction capable de tirer de très lourdes charges et finalement, en 1930, les effectifs de la race devinrent de moins en moins nombreux. Les passionnés décidèrent de reconstruire la race, mais ils n’avaient pas tous la même vision. C’est ainsi que petit à petit, trois lignées différentes furent créés. Il y eut le travail de la famille Walden et des Seeley qui donna le Malamute de type Kotzebue. Il y eut également un travail peut-être un peu plus large, fournit par Paul Voelker, qui créa le type M'Loot. Une troisième lignée se distingua même si peu de chiens furent à priori élevés, il s’agissait de la lignée « Hinman-Irwin ». Puis les différentes lignées furent peu à peu croisées, d’abord pour pallier au déficit de population créé par la seconde guerre mondiale, puis dans un objectif d’amélioration.
Depuis 1963, la FCI a reconnu définitivement le Malamute de l’Alaska.