L’origine précise de la race reste obscure. On pense généralement que l’Epagneul d’eau irlandais s’est développé à partir de chiens persans parvenus en Irlande en passant par l’Espagne. La première attestation en Irlande concernant des chiens d’eau chassant la sauvagine date de l’an 1600. Ainsi nous savons que des chiens au poil imperméable ont été employés en Irlande avant même l’introduction du fusil de chasse à petit plomb. Le seul témoignage objectif de l’ascendance de l’Epagneul d’eau irlandais est son trait particulier le plus frappant, sa queue de rat. Cette particularité ne se rencontre chez aucun autre chien du même genre et rend très vraisemblable l’hypothèse selon laquelle la race actuelle descend d’un ancêtre irlandais autochtone. Cette queue est à l’origine des noms que l’on a donnés à la race : « whip tail » (queue en forme de fouet) ou de « rat-tail » (queue de rat).
De toute façon, au cours de la seconde moitié du 19ème siècle, les descendants de ces chiens ont été reconnus et ont obtenu de grands succès aux expositions canines. Un club a été fondé en 1890 en vue de la promotion de l’Epagneul d’eau irlandais.