Le Berger du Karst est une race appartenant au groupe des molossoïdes qui existe depuis plusieurs siècles. Ce chien a probablement suivi le peuple des Illyriens dans sa migration à travers l’Istrie et les îles dalmates et s’est fixé dans la région slovène du massif du Karst. Pour la première fois, la race est citée par écrit en 1689 dans le livre du baron Janez Vajkart Valvasor « La gloire du duché de Carniole ». La race et son standard ont été reconnus officiellement le 2 juin 1939 sous le nom de « Berger d’Illyrie » au cours de l’assemblée générale de la FCI à Stockholm. Lors de l’assemblée générale de la FCI à Bled-Slovénie en 1948, le standard fut complété et la race reconnue une nouvelle fois. Jusqu’au 16 mars 1968 cependant, le Berger d’Illyrie du massif du Karst portait le même nom que le berger du massif de Sarplanina.
En présence de deux chiens de berger portant le même nom, la Société Centrale Yougoslave a décidé de nommer celui de la région du Karst « Berger du massif du Karst » et l’autre « Sarplaninac ». Depuis ce jour, ces deux races sont totalement indépendantes.